皇岗庄氏祖先源于福建泉州桃源庄氏开基祖庄森公，南宋末年，金人入侵，庄森公在浙江杭州的一支后裔名庄荣（一世祖），为避战乱，辗转迁向广东东莞一带。庄荣生子三，长曰敬德，次曰敬仁，三曰敬义，是为二世祖。

元末，庄荣的曾孙庄兴（四世）曾经协助岭南著名人物何真保境安民，据说，庄兴自幼聪明好学，才华出众，遵照父亲的意愿，做了教书先生。当时正是元末，四方骚乱，社会动荡，东莞伯何真拉起自己的地方势力，保境安民，听说了庄兴的才干后，慕名前来求贤，于是庄兴放弃教职，跟随何真的儿子何华镇守笋岗。 按照皇岗庄氏后人的说法，当时笋岗一地民风悍暴，常因出言不逊而引发殴斗，有一次何华被惹恼，想出兵镇压，杀一儆百。庄兴听说后，赶紧劝止何华以仁道而非借助兵戈得民心，化解了一场血腥。

到了明宣德年间（约公元1426年），庄兴的孙子庄润（六世），携带家眷，来到了皇岗这片海边之地，立村建业，至此，不断南迁的庄氏的一支，终于停住了疲惫的脚步。19世纪初，皇岗庄氏修建宗祠，名“锦绣堂”，与福建泉州府永春县桃源庄氏宗祠的堂号同出一辙。

这里原叫“黄岗”，是根据附近的地形地貌取名，当年这片海滩地旁有个黄土山岗，皇岗《庄氏族谱》就记载，庄氏明朝五世祖———“润，迁于黄岗之乡”。确实，1688年清康熙《新安县志．地理志》就有“黄岗渡”的记载，从“黄岗”可以乘渡船到深圳河对岸的锦田（现属香港）。直到1866年的地图，仍旧标示着“黄岗”。

今人认为，可能是附近小山相连，形似凤凰，故称“凰岗”，而附近的岗厦村曾名为“凤岗”，因为清末时与岗厦不睦，不愿“凤”在“凰”之上，便去掉几字头，取名皇岗，沿用至今。